FRENDIKA AJI SETYAWAN

Unlocking the genome of the human typhoid bacillusDisusun Oleh : FRENDIKA AJI SETYAWAN (130801063) SEKOLAH TINGGI ILMU KESEHATAN PEMKAB JOMBANG PROGRAM STUDI S1 KEPERAWATAN TAHUN 2014/2015 KATA PENGANTAR Puji syukur penulis panjatkan ke hadirat Allah SWT yang telah melimpahkan, rahmat taufik dan hidayah-Nya sehingga penulis dapat menyelesaikan tugas mata kuliah “SistemDigestif” dengan membahas “Unlocking the genome of the human typhoid bacillus” dalam bentuk makalah. Dengan selesainya makalah ini, tidak lupa penulis mengucapkan terimakasih kepada: 1. Ketua STIKES PEMKAB JOMBANG, drg.BudiNugroho, MPPM 2. Ketua program studi S1 Keperawatan STIKES PEMKAB JOMBANG, SestuRetnoD.A.S.Kp,M.Kes 3. Dosen pembimbing mata kuliah Sistem Digestif, Alik Septian.M, S.Kep.,Ns Penulis menyadari bahwa penyusunan makalah ini masih ada kekurangan maupun kesalahan, untuk itu penulis mengharapkan kritik dan saran yang membangun untuk penyempurnaan. Semoga makalah ini dapat bermanfaat bagi pembaca. Atas perhatiannya penulis ucapkan terimakasih. Jombang,, 18 Januari 2015 Unlocking the genome of the human typhoid bacillus Abstrak: Molecular studies are shedding new light on the pathogenesis of human typhoid fever, which is still a very common disease in developing countries. For example, the total genome DNA sequence has recently been determined for a multiple-drug-resistant Salmonella typhi, the serotype that is the cause of typhoid fever. The genome sequence showed many distinguishing features, including clusters of S typhi specific genes and a large number--over 200--of pseudogenes. This information, together with other molecular studies, has provided vital clues in several important areas of typhoid biology. We have new insights into the mechanisms underpinning the human host specificity of S typhi, and have exploitable new routes to improved diagnostics and a better understanding of the epidemiology of the disease. Teks lengkap: Headnote Molecular studies are shedding new light on the pathogenesis of human typhoid fever, which is still a very common disease in developing countries. For example, the total genome DNA sequence has recently been determined for a multiple-drug-resistant Salmonella typhi, the serotype that is the cause of typhoid fever. The genome sequence showed many distinguishing features, including clusters of S typhi specific genes and a large number-over 200-of pseudogenes. This information, together with other molecular studies, has provided vital clues in several important areas of typhoid biology. We have new insights into the mechanisms underpinning the human host specificity of S typhi, and have exploitable new routes to improved diagnostics and a better understanding of the epidemiology of the disease. Lancet Infectious Diseases 2002; 2: 163-70 Typhoid today: current concerns Typhoid is now regarded as a disease of history by many people living in developed countries. However, WHO estimates that globally there are still more than 17 million typhoid cases annually and that these infections are associated with about 600 000 deaths.1 Typhoid is caused by a serovar of the Gram-negative bacterium Salmonella enterica known as Salmonella enterica subspecies enterica serovar Typhi (referred to in this review as S typhi). Unlike many other members of S enterica, S typhi is restricted in host range to human beings, and there is no known animal reservoir. Infection is normally acquired by ingestion of S typhi in contaminated food or water. Consequently typhoid is common in poor and tropical areas of the world where sanitation is inadequate and the water supply not effectively purified. Clinically, the presenting symptoms of S typhi infection can be similar to those of other febrile illnesses common in tropical regions, such as dengue fever and malaria. Thus, a diagnosis on clinical grounds alone can be difficult, especially for the inexperienced clinician, and to a great extent diagnosis is dependent on laboratory methods involving culture of S typhi from a specimen of blood or bone marrow. In many less developed regions of the world, where most typhoid fever cases occur, surveillance and outbreak investigation are limited by a lack of laboratory facilities; consequently there are no truly accurate data on the frequency or extent of typhoid fever worldwide. The WHO figures of the number of cases are almost certainly an underestimate. Despite effective antibiotics2 the recent dramatic increase in the prevalence of multipleantibiotic-resistant S typhi has drawn attention to the need to reassess efforts in disease control. There are several licensed typhoid vaccines available for use against typhoid fever3 but they have not been used extensively in many regions where typhoid is endemic. The first typhoid vaccines were based on whole inactivated S typhi bacilli and were used routinely for many years. However, these vaccines have only moderate efficacy and are very reactogenic. In the past decade new vaccines based on the purified Vi polysaccharide of S typhi have been developed. Again, these vaccines showed only moderate efficacy but they were much better tolerated than the whole-cell vaccines and were thus a significant improvement. A live attenuated oral typhoid vaccine, Ty21a, has also been in general use for some years. This vaccine has moderate efficacy in disease-endemic areas but requires several doses to achieve a reasonable rate of protection. Several vaccines are currently available for the prevention of typhoid fever but they are not suitable for use in neonates or infants, and have variable efficacy.4 Recent encouraging results, however, have been obtained with Vi conjugated to protein carriers,3 increasing the hope for a new generation of typhoid vaccines suitable for general use in infants. The genome sequence of S typhi CT18 In the past few years the complete DNA sequence of the genomes of many bacteria have been determined. Total genome sequencing provides a complete blueprint of the genetic repertoire of a bacterium and facilitates the identification of the entire gene set. We recently determined the Scattered along the backbone of this conserved core are regions of S enterica. survival in the environment. Indeed.1 and SPI-2 that facilitate invasion of and survival inside host cells. For example. General features of the genome The genome of S typhi CT18 is 4 809 037 base pairs in length. known as salmonella pathogenicity island (SPI). and most likely originated from a successful common ancestor for the enteric bacteria. and transmission. CT18. or indeed serovar S typhi-specific. Such unique regions can be single genes or groups of genes clustered together (up to 100 genes in some clusters).5 In sequencing CT18 we captured the total gene complement of this virulent S typhi. One striking feature of the S typhi genome is that by comparison with other enteric bacteria.DNA sequence of a multidrug-resistant S typhi isolate. such as survival in the intestine (colonisation). The sequencing programme showed a large number of genes that had not been identified by previous genetic analysis of S typhi or other enteric bacteria. An additional large island. such as Escherichia coli. within the S typhi genome contains genes that encode for Vi polysaccharide production as well as many other genes of unknown function. about 20% of the genome encoded genes of completely unknown function. It seems that diversity within the Enterobacteriaceae has . SPI-7. together with additional genes that were responsible for the drug resistance of this particular isolate. there are large regions of DNA that show a high degree of conservation between species. This shared core region (70-80% of the chromosome) could represent a conserved gene repertoire associated with basic household functions in the Enterobacteriaceae. that was originally isolated from a case of typhoid in Vietnam. Examination of the genomes of enteric bacteria suggests that the feature of a common core genetic repertoire. Significantly. Examination of the sequence immediately provided insights into several aspects of the biology of S typhi that had hitherto proved difficult to elucidate. DNA. together with dispersed unique sequences is generally representative of the Enterobacteriaceae (figure 2). all S enterica harbour two large clusters of genes (absent from E coli). These unique regions are the genes that provide the distinct phenotypes of the S enterica serovars such as S typhi. This is enough DNA to encode about 4600 genes (figure 1). the genes in this core region are not only similar between the enteric bacterial species but are also in a conserved order on the chromosome (synteny). Pseudogenes are stretches of DNA that encode gene-like sequences but which have clearly been inactivated by some sort of change.8 These findings are especially important because. Clinical features and current thinking on pathogenesis Patients admitted to hospital with typhoid fever are more commonly children than adults. Significantly. Indeed. and usually present with a history of prolonged fever (10-14 days). The genome sequence is providing the first clues in this area. 145 of the S typhi pseudogenes are present as active genes in S typhimurium and many are potentially involved in pathogenesis or encode proteins that are exported through the bacterial membranes and could be involved in immune recognition or pathogenesis. for example).evolved partly through the acquisition of DNA by horizontal transfer. our understanding of host-range limitations and the pathogenesis of gastroenteritis and systemic disease caused by salmonella serotypes in human beings has been very limited. within tRNA genes) in different enterics. often the mutation of a single base. bacteriophage DNA is commonly found in the unique regions of enteric bacteria.6 so that different unique DNA could be present at the same site in even closely related bacteria (S typhi versus S typhimurium. Horizontally acquired DNA often inserts into the same chromosomal sites (for example. up to now.9 Many clinical complications involving almost every organ . The fact that a freeliving organism like S typhi has roughly 5% of the genome inactivated has to have significant biological consequences. or transformation. conjugation (plasmid-mediated). S typhimurium causes a different disease in humans and has a wider host range compared with S typhi. abdominal discomfort. Indeed. Another unexpected feature of the S typhi genome was the presence of more than 200 pseudogenes (table). pseudogene accumulation has been shown to occur in other host-adapted pathogens such as Mycobacterium leprae 7and Yersinia pestis. Thus. pseudogene formation in S typhi could have an effect both on pathogenesis and host range. and general lethargy. headache. Horizontal transmission can be mediated via DNA exchange involving mechanisms such as transduction (bacteriophagemediated). In S typhi many of the pseudogenes are inactivated by simple point mutations or frameshifts (figure 2). This may not be surprising when we consider that enteric bacteria live in close proximity in the intestine and individual bacteria would be seeking any competitive advantage over their neighbours. findings in this system should not be extrapolated wholesale to human typhoid. This primary bacteraemia is usually symptomless and blood cultures are usually negative at this stage of the disease. After ingestion. where most bacteria seem to be . however. the reported incidence of mortality due to typhoid in Indonesia and New Guinea10. differences in the genetic susceptibility of host populations.14 S typhi uses a very sophisticated mode of pathogenesis to colonise the human host and our understanding of the pathogenesis of typhoid fever is summarised in figure 3. S typhi are shed back into the blood causing a secondary bacteraemia. The number of publications on human typhoid that used modern immunological and molecular techniques is limited. For example. At present we do not know if these differences are due to genetic variation in the local S typhi strains. the most feared of which is perforation of the small bowel.17 and studies of people with naturally acquired S typhi infections. and then pass into the bloodstream via the lymphatics. In the 1960s. or other factors. although recent reports have documented an association between certain HLA class-II haplotypes and susceptibility to typhoid fever. Reported mortality associated with typhoid. Volunteer studies. resistant isolates of S typhi in Pakistan might be more virulent than sensitive strains12 and isolates from fatal cases in Papua New Guinea might be different from background strains. S typhi volunteer-challenge studies in the USA established an infective dose for typhoid of 105-109 organisms.11 is higher than in other countries in southeast Asia such as Vietnam. varies between geographical regions.15 These studies also showed a symptomless incubation period of 4-14 days. the length of which was dependent on the inoculating dose of viable bacteria. After a period of bacterial replication. which coincides with the onset of clinical symptoms16 and marks the end of the incubation period. Since murine infections use non-typhi serovars of S enterica. Genetic variation between isolates of S typhi has been related to clinical outcome.15 The bloodborne bacteria are disseminated throughout the body and are thought to colonise the organs of the reticulo-endothelial system where they are thought to replicate within cells of the monocytic lineage. S typhi pass through the intestinal mucosa.system have been associated with typhoid fever.13 Studies on the genetic susceptibility of people to typhoid are limited.15. Consequently. 18 S typhi can also often be cultured from bone marrow. have shown that S typhi is present in the blood during the symptomatic stage of the disease but could be at rates as low as one bacterium per 10mL. enter the mesenteric lymphoid system. For example. much of the detail of our perception of typhoid pathogenesis is influenced by information gleaned from work in mice. . which overlie gutassociated lymphoid tissues. Although diarrhoea can occur after an infection with S typhi.20 through enterocytes. Other information has been gleaned from studies with attenuated strains in volunteers.23 Examination of the S typhi genome has already identified up to ten pathogenicity islands (SPI 1-10). Human infection with S typhimurium is not generally an invasive disease and is typically associated with gastroenteritis. S typhi could be seen to use a "stealth approach" to allow the colonisation of deeper tissues of the body. In vitro studies with human cell lines have shown qualitative and quantitative differences in the epithelial-cellresponse to S typhi and S typhimurium with regards to cytokine and chemokine secretion. in vitro organ culture. five of which were undiscovered before the sequencing programme.intracellular. Implications of genome sequence Research into pathogenicity and host specificity Much of our present thinking on typhoid pathogenesis is derived from salmonellosis in the mouse and in reality we have very limited knowledge about the pathogenesis of S typhi infection in man. or via a paracellular route.19 At this stage large numbers of S typhi can be shed in stools. probably via the gall bladder. &c) to explore the contribution of these novel genes to pathogenesis. known as M cells. The early clinical challenge studies in prisoners provided information on the infective dose and showed that the role of Vi capsule in pathogenesis was not absolute. We will now be able to use comparative genomics coupled with various biological assays (infections of cells.21 None of these routes of invasion have been formally shown for human typhoid fever.22 Thus by avoiding the triggering of an early inflammatory response in the gut. S typhi are thought to invade the body through the gut mucosa in the terminal ileum possibly through specialised antigen-sampling cells. The availability of the sequence should also encourage researchers to move from murine studies into more clinically appropriate work on S typhi itself. A comparison of the genome sequence of S typhi with that recently published for S typhimurium LT224 identifies other smaller S typhi-specific gene clusters or individual genes. this generally occurs later in the disease and not during the initial stages of infection. Treatment trials with azithromycin are showing promise as an alternative to the fluoroquinolones30 but little else is on the horizon. Why this transmissible resistance took 20 years to become established in S typhi is unclear. The thirdgeneration cephalosporins and the fluoroquinolones have become the drugs of choice today. which has been shown to affect the outcome of treatment with fluoroquinolones. New therapeutic approaches The genome provides a wealth of information about the genetics of S typhi but this is a long way from providing new routes towards therapy of the disease.25 Resistance to quinolones.29 This gives great cause for concern and increases the possibility of untreatable typhoid fever arising in the less wealthy regions of the world. ceftriaxone.28 Furthermore. Perhaps by reducing the options for routes of invasion into human tissues S typhi favours a route that promotes the likelihood of systemic spread. transferable resistance to a third generation cephalosporin. the first major outbreaks of chloramphenicol-resistant S typhi did not occur until 1972.S typhi is highly adapted to infection of human beings to the point that it has lost the ability to cause transmissible disease in other animals. After 1972. The discovery of the large number of pseudogenes in S typhi suggests that the genome of this pathogen has undergone degeneration to facilitate a specialised association with human beings.27 and from endemic cases in south Asia. could be emerging. Treatment is being compromised by the development of resistance The introduction of chloramphenicol in 1948 revolutionised the management of acute typhoid fever but resistance was reported just 2 years later. which show that co-trimoxazole and ampicillin or amoxycillin were effective alternatives.26 is now widely reported from outbreaks. alternative antimicrobials were sought and there is a wealth of data and reviews of clinical trials from this period. A combination of .2 In the 1980s the first reports of S typhi resistant to all three of these first-line drugs appeared. This specialisation could eventually prove to be the Achilles heel of the pathogen. However. proteomics. Some good data. is available but is only from very defined areas with good laboratory facilities. Using the DNA sequence of pHCM1 we will be able to investigate the structure of other multidrug-resistant plasmids seen in S typhi and other related pathogens. In the Mekong Delta region of Vietnam. which encodes several drug-resistance determinants. in some hospitals multidrugresistant S typhi are coexisting with other bacteria that have broad-spectrum beta-lactamase genes. The highest reported incidence of typhoid fever is from southeast Asia: in Papua New Guinea 1208 cases/100 000 population. and in Indonesia 1000 cases/100 000 population. The structure of mobile elements in pHCM1 shows the likely order in which these drug-resistance determinants were acquired. Evolution of multidrug resistance The sequenced isolate S typhi CT18 is multidrug resistant and harbours a large transmissible plasmid. much more work will be needed before any benefits come from this source. and populations has the greatest effect on the rate of sporadic cases in an area. This information will provide a more detailed picture of the evolution and spread of multidrug resistance in enteric pathogens. patients. Indeed.bioinformatics. targeting these public-health measures becomes ever more important. However. accurate epidemiological information is needed and yet it is difficult to estimate even the incidence of typhoid fever in most endemic regions. producing resistance to cephalosporins. the attack . It would be prudent in these areas to set up simple PCR-based surveillance systems designed to identify individuals who might be colonised by both bacteria. Genes that are essential for life or for virulence might become targets for the development of new antibiotics or vaccines. called pHCM1. To do this. and microarrays could be used to interrogate the function of different genes in the S typhi genome. however. Typhoid fever in endemic regions is most common in the 3-19-years age group but the peak age incidence varies regionally. A significant danger in the future is that S typhi will acquire complete fluoroquinolone resistance or acquire a broad-spectrum beta-lactamase. In a world of limited resources. Local epidemiology in endemic regions is not well understood Public-health management of the environment. involving methods that can differentiate strains isolated during a large outbreak. even prolonged outbreaks are often caused by very closely related strains. Other differences in the genome of S typhi have also been detected by pulse-field gel electrophoresis (PFGE). indistinguishable by current methods for typing isolates (phage typing and PFGE). Chronic carriers and convalescent S typhi shedders are likely to be the principal source of most cases of typhoid fever in endemic countries. has confirmed the clonal hypothesis and suggests that S typhi could have separated from other S enterica around 20 000 years ago (C Kidgell. currently impossible to describe local transmission routes for outbreaks of typhoid fever in endemic areas because most isolates seem to be the same strain. selected using the genome sequence data. If rare cutting enzymes such as ICEU1 are used then the organisation of the chromosome can be described and global groupings of S typhi recognised. Large outbreaks of typhoid fever usually occur against a background of endemic cases. The conditions that favour large outbreaks are not well documented. Examination of S typhi clinical isolates has shown that they are generally highly related in terms of antigenic structure and biochemical characteristics. it is difficult to define their importance.31 However. Imperial College.32 If we are to understand the maintenance and transmission of this organism within communities we need to be able to characterise the relatedness of strains. therefore. with an attack rate of 531/100 000 per year. London.rate was shown to peak among 5-9 yearolds. New approaches to S typhi epidemiology are needed. UK.33 Indeed. Although the backbone DNA of S typhi could be clonal. Systematic studies by isoenzyme analysis done with S typhi isolates from different areas of the world confirmed the high degree of similarity. in India typhoid fever can be common among younger children (1-5 years). . unpublished). The involvement of human carriers in the transmission of typhoid is well documented but their role in larger outbreaks is less well understood. PFGE is a method involving cleavage of the bacterial chromosome into large DNA fragments that can be separated on agarose gels. A new approach using multilocus sequence analysis.36.35 If more frequently cutting enzymes are used the patterns of DNA fragments provide a fingerprint of the bacterial chromosome.37 It is. involving the sequencing of household genes from multiple S typhi isolates. studies from genome sizing34 and variations in biotype and flagella antigen suggest that differences in the genetic repertoire of S typhi do occur. S typhi can be cautiously classified as a clone that has spread from a single source. however. Although background isolates show high rates of variation. Identification of a clinical isolate. stool. and a similar approach is likely to be effective in studies on S typhi. Even the best molecular methods available. are not always able to discriminate at a level needed to describe the routes of typhoid transmission in the crowded communities around developing cities. During sequencing. Although this test is widely used. regions that could lead to typing schemes containing several hundred recognisable types and which remain stable for several generations. or specific lesion of a patient with symptoms characteristic of typhoid fever. which detects agglutinating antibodies against the O (lipopolysaccharide) and H (flagella) antigens of S typhi. some regions of the S typhi genome were seen to vary even within a single batch culture. such as salmonella. Laboratory diagnosis has not changed for 100 years The definitive diagnosis of typhoid fever currently depends on the demonstration of S typhi in the blood. phage elements) or errors in replication (polynucleotide runs). The most commonly used serological test is the Widal test. Blood has been the mainstay of culture for S typhi since Coleman and Buxton38 published the first review of blood cultures in typhoid fever in 1907. by biochemical tests and agglutination with salmonella-specific antisera is a relatively simple task. bone marrow. However. Clearly this is too much variation for a useful typing scheme. it lacks sensitivity and/or specificity in typhoid-endemic regions when used with a single serum sample.Improved epidemiology Although bacteriophage typing has proved invaluable for discriminating between S typhi isolates for the description of global trends it is of limited use in local epidemiology due to lack of discrimination between closely related isolates. although the definitive characterisation of an S typhi isolate as Vi negative presents difficulties. We need a new approach to epidemiological studies on this pathogen. By examining the genome sequence of S typhi it is possible to identify regions of the genome that are likely to be hot spots for recombination (repeat elements. can now be sought. This method is still in use today (figure 4). giving rise to several different types within one generation. These hot spots or microsatellites have been shown to be of value in discriminating isolates within other clonal bacteria such as Y pestis and M tuberculosis. such as PFGE.39-41 One of the problems with the development of serodiagnostic . it is difficult to see how this approach can be greatly improved. Thus. The case for global eradication During the early 1900s the importance of both clean water and the identification of S typhi carriers was recognised in Europe and North America as being critical for the management of typhoid fever. S typhi unique sequences that exist as multi copies in the genome need to be found.48 A cost benefit exercise done by WHO to compare control measures in typhoid fever in 197849 showed that the construction of hygienic toilets was the cheapest way to . amongt which is IS200. perhaps in conjunction with more conventional antigens such as Vi. S typhi encodes a number of fimbrial antigens43 and some of these antigens might have potential as diagnostic antigens.46 These observations were further supported by evidence from the recent implementation of sanitation measures for the control of cholera in Chile. There have been several unique targets described for S typhi.45 This insertion element is present in multiple copies in the S typhi genome and seems to offer hope for a molecular diagnostic target.42 Serodiagnosis may be a more rational way to diagnose both acute cases of typhoid fever and typhoid carriers. Can we improve laboratory diagnosis? The limiting factor for the sensitivity of microbiological culture as a diagnostic method is the low number of bacteria in the blood. Molecular techniques for the detection of S typhi specific DNA could potentially increase the sensitivity of diagnosis and specific probes based on the Vi genes have been characterised and assessed44 but give a low sensitivity.reagents for typhoid is that S typhi shares many cross-reactive antigens with members of the enteric flora of man and with other enteric pathogens.47 There is general agreement that improving the quality of water supplies in heavily populated areas of endemic countries is an essential part of the control of typhoid fever. The genome could be used to identify potential S typhispecific surface antigens and assess these for their diagnostic potential.41 but none have become widely used despite the availability of commercial kits. To achieve the best possible molecular method for the diagnosis of typhoid fever. Several alternatives to the Widal for antibody detection have been developed. identification of S typhi unique antigens will greatly facilitate the development of new serodiagnostic tests. which also reduced the number of cases of typhoid fever. For example.18 Although culture is currently the gold standard for diagnostics. with improved sanitation and water supply as long term aims.reduce infection. Unique sequences in the genome of S typhi can now be identified for the generation of recombinant antigens for serological diagnosis or probes for molecular diagnosis. probably through a unique evolutionary event. . and in all cases we investigated different isolates harboured exactly the same mutations. Thus. Improved vaccines are being developed and so the main barrier to an eradication programme is the identification of cases and carriers. better diagnostics (especially to identify carriers). and mass vaccination. Since S typhi is restricted to human beings. in theory eradication of typhoid fever is feasible and could be a worthwhile goal to put on global health agendas. Although crude. these figures support the argument for mass vaccination as a first goal for typhoid eradication. especially in the short term. without fear that S typhi might re-emerge from other S enterica serovars. We have sequenced selected individual pseudogene mutations from different S typhi isolates. and that S typhi cannot readily evolve from other S enterica serovars. we could theoretically eliminate typhoid through a combination of improved sanitation. Would it be possible to use these measures to completely eradicate typhoid? The genome of S typhi shows many unique features such as S typhi-specific gene clusters and the presence of over 200 pseudogenes. Experience has shown that elimination of S typhi from local human populations eliminates the disease from local geographic regions and that S typhi does not persist long term in any environmental reservoir. A combination of both measures was necessary for elimination of endemic typhoid. This strongly suggests that S typhi has only emerged once. but that vaccination with heatkilled whole-cell vaccine was more effective. Nature 2001. 12 Bhutta ZA. In: Yu L. Nature 2001. Richens J. eds. Finlay BB. 354: 698-99. 310: 82-88. 11 Hoffman SL. 6 Wain J. In: Armstrong D. 3 Lin FY. House D. Hydrocortisone in chloramphenicol-treated severe typhoid fever in Papua New Guinea. Barriere S. Thomson NR. Nature 2001.year-old children. London: Mosby. Lancet 1999. 1999. the causative agent of plague. 85: 113-16. Cohen J. Khiem HB. Trans R Soc Trop Med Hyg. Pickard D. Infectious diseases. Multidrug-resistant typhoid in children: presentation and clinical features. 344: 1263-69. Ivanoff B. Trends Microbiol 1998. Naqvi SH. 2 White N. 5 Parkhill J. Phil Trans R Soc Lond B Biol Sci 2001. The efficacy of a Salmonella typhi Vi conjugate vaccine in two-tofive. Parkhill J. Dougan G. Razzaq RA. Rev Infect Dis 1991. Smith TA. et al. Punjabi NH. 356: 1027-34. et al. 4 Griffin GE. 1999: 24?1-24?4. Merigan C. 6: 131-33. . 8 Parkhill J. Complete genome sequence of a multiple drug resistant Salmonella enterica serovar Typhi CT18. 413: 848-52. Acquisition of virulence-associated factors by the enteric pathogens Escherichia coli and Salmonella enterica. Typhoid fever and childhood vaccine strategies. Frankel G. 409: 1007-11. Wain J. Baltimore: Williams and Wilkins. Typhoid fever. Salmonella typhi and paratyphi.References References 1 Pang T. et al. et al. Levine MM. Spooner VJ. Kumala S. Wren BW. eds. et al. 413: 523-27. 10 Rogerson SJ. Antimicrobial therapy and vaccines. Dougan G. N Engl J Med 1984. Reduction of mortality in chloramphenicol-treated severe typhoid fever by high-dose dexamethasone. 7 Cole ST. 13: 832-36. James KD. Ho VA. Farooqui BJ. Eiglmeier K. Genome sequence of Yersinia pestis. N Engl J Med 2001. Typhoid fever-important issues still remain. 9 Richens J. Massive gene decay in the leprosy bacillus. Metcalf ES. Barry E. 17 Levine MM. 40: 799-811. 36: 1683-87. et al. Attenuated Salmonella typhi and Shigella as live oral vaccines and as live vectors. 1: 864-66. 34: 1029-33. Molecular analysis of isolates of Salmonella typhi obtained from patients with fatal and nonfatal typhoid fever. 183: 261-68. Dawkins AT. . DuPont HL. Migration of Salmonella typhi through intestinal epithelial monolayers: an in vitro study. transmissibility. O'Neill BL. New York: Marcel Dekker. 66: 2310-18. Blackwell JM. Stephens HA. et al. Bay PV. Passey M. Hone DM. Incubation period and other features of food-borne and water-borne outbreaks of typhoid fever in relation to pathogenesis and genetics of resistance. et al. N Engl J Med 1970. J Clin Microbiol 1996. 16 Naylor GR. Bement WM. Woodrow GC. Combs BG. 283: 739-46. 14 Dunstan SJ. Cobon GS. Tacket CO. 21 Kops SK. Nature 1998. Clegg A. 19 Wain J. Infect Immun 1998. 15 Hornick RB. 393: 79-82. Ho VA. typhi uses CFTR to enter intestinal epithelial cells. West AB. et al. and antibiotic resistance. 20 Pier GB. Snyder MJ. Diep TS. 98: 120-3. Lowe DK. et al. 22 Weinstein DL. 39: 1571-76. 18 Wain J. Pang T. Microbiol Immunol 1996. J Clin Microbiol 1998. lmeotn elalal. Behring Inst Mitt 1997. Grout M. Genes of the class II and class III major histocompatibility complex are associated with typhoid fever in Vietnam. Galen J. Yassin RM. Typhoid fever: pathogenesis and immunologic control. Woodward TE. 23 Levine MM. Quantitation of bacteria in blood of typhoid fever patients and relationship between counts and clinical features. Lancet 1983. Greisman SE. J Infect Dis 2001. In: Levine MM. Kaper JB. Galen JE. Zaidi TSa. Quantitation of bacteria in bone marrow from patients with typhoid fever: relationship between counts and clinical features. 1997: 437-46. Progress in development of new attenuated strains of Salmonella typhi as live oral vaccines against typhoid fever. Vinh H. Differential early interactions between Salmonella enterica serovar Typhi and two other pathogenic Salmonella serovars with intestinal epithelial cells. New generation vaccines.13 Thong KL. eds. J Clin Microbiol 2001. Emerg Infect Dis 2001. Kumar R. Hoa NT. The epidemiology of typhoid fever in the Dong Thap Province. Liu SL. 179: 1416-22. Res Microbiol 1997. 33 Selander RK. Saha S. Evolutionary genetic relationships of clones of Salmonella serovars that cause human typhoid and other enteric fevers. 28 Threlfall EJ. 34 Thong KL. A randomized controlled comparison of azithromycin and ofloxacin for treatment of multidrug-resistant or nalidixic acid-resistant enteric fever. Clin Infect Dis 1997. Lancet 1999. 7: 448-50. et al. 413: 852-56. A highly ceftriaxone-resistant Salmonella typhi in Bangladesh. Beltran P. 44: 1855-59. et al. Clin Infect Dis 1997. 18: 387. Complete genome sequence of Salmonella enterica serovar Typhimurium LT2. Decreased susceptibility to ciprofloxacin in Salmonella enterica serotype typhi. Threlfall EJ. Electrophoresis 1998. Chromosomal rearrangements in enteric bacteria. Multidrug-resistant Salmonella typhi: a worldwide epidemic. . J Infect Dis 1999. Nature 2001. Spieth J. Mekong Delta region of Vietnam. 35 Sanderson KE. et al. 25: 140410. Villar R. 25 Rowe B. Smith NH. 29 Saha SK. 19: 569-72. A massive epidemic of multidrug-resistant typhoid fever in Tajikistan associated with consumption of municipal water. Infect Immun 1990. 24 (suppl 1): 106-09. Quinoloneresistant Salmonella typhi in Viet Nam: molecular basis of resistance and clinical response to treatment. Pediatr Infect Dis J 1999. Puthucheary SD. Ward LR. 354: 734-37. Sazawal S. Pang T. Vo AH. 31 Lin FY. Antimicrob Agents Chemother 2000.24 McClelland M. 27 Mermin JH. 30 Chinh NT. Ly NT. Islam M. Carpenter J. 58: 2262-75. Parry CM. 32 Sinha A. Am J Trop Med Hyg 2000. et al. 26 Wain J. Ward LR. et al. 62: 644-48. Talukder SY. Genome size variation among recent human isolates of Salmonella typhi. Phan VB. Typhoid fever in children aged less than 5 years. Sanderson KE. 148: 229-35. United Kingdom. Chinh NT. et al. et al. Green fluorescent protein-based direct viable count to verify a viable but nonculturable state of Salmonella typhi in environmental samples. 41 House D. Epidemiologic analysis of sporadic Salmonella typhi isolates and those from outbreaks by pulsed-field gel electrophoresis. Indian J Med Res 1997. Cheong YM. 100 years of Widal test &its reappraisal in an endemic area. . 46 Wishnow RM. 36: 227-35. 69: 2894-901. The bacteriology of the blood in typhoid fever. Fernandez-Mora M. Puthucheary S. Value of a singletube widal test in diagnosis of typhoid fever in Vietnam. et al. Punjabi NH. McWhirter PD. Edwards R. 39: 1002-7. J Clin Microbiol 1999.resistant Salmonella enterica serotype typhi from four outbreaks. et al. Hien TT. Ordoñez LG. Hoa NT. 45 Calva E. 37: 2882-86. 105: 53-57. J Clin Microbiol 2000. Patel B. 27: 1112-114. 35: 3048-53. Ho VA. J Clin Microbiol 1994. 30: 427-450. Infect Immun 2001. J Clin Microbiol 1989. Kim SJ. Salmonella enterica serovar Typhi possesses a unique repertoire of fimbrial gene sequences. J Microbiol Methods 1999. 43 Townsend SM. 42 Cho JC. Puente JL. Use of a DNA probe to detect Salmonella typhi in the blood of patients with typhoid fever. 38 Coleman W. 37 Thong KL. et al. 40 Parry CM. Serology of typhoid fever in an area of endemicity and its relevance to Diagnosis. Buxton BH. Diep TS. Santana FJ. The conquest of the major infectious diseases in the United States: a bicentennial retrospect.36 Connerton P. Chitnis DS. Kramer NE. Wain J. Am J Med Sci 1907. 38: 895-97. Bobadilla M. Wain J. 32: 1135-41. Pang T. 39 Shukla S. 44 Rubin FA. Distinctive IS200 insertion between gyrA and rcsC genes in Salmonella typhi. J Clin Microbiol 2001. Epidemic typhoid in vietnam: molecular typing of multipleantibiotic. et al. Koh CL. et al. 133: 896-903. Annu Rev Microbiol 1976. J Clin Microbiol 1997. uk. Rev Infect Dis 1985. Bacterial.47 Fica AE. Deborah. JW. Epidemiological models of acute bacterial diseases. Correspondence: Professor Gordon [email protected]. Bull World Health Organ 1978. London. Hinxton. Centre for Molecular Microbiology and Infection. UK. Tel +44 (0)20 7594 5256. House. Judul: Unlocking the genome of the human typhoid bacillus Pengarang: Wain. UK. Uemura K. AuthorAffiliation GD. JP is at the Pathogen Sequencing Unit at The Sanger Centre. Typhoid Fever -. email g. Grab B. J Clin Microbiol 1996. Technology. Multiple. and CP is at the University of Oxford-Wellcome Trust Clinical Research Unit. Parkhill. Epidemic typhoid in Chile: analysis by molecular and conventional methods of Salmonella typhi strain diversity in epidemic (1977 and 1981) and nonepidemic (1990) years. University of Oxford. Centre for Tropical Diseases. fax +44 (0)20 7594 3069. Technology. Bacterial (utama). DNA.epidemiology. Epidemiological models and their application in public health. Salmonella typhi -.diagnosis. Multigene Family. Vietnam. Humans. 56 (suppl 1): 25-143. and DH are at the Centre for Molecular Microbiology and Infection. Dynamics of acute bacterial diseases. D'Ottone K. London SW7 2AZ. MeSH: Anti-Bacterial Agents -.genetics. DNA. Cabello FC. John. Ho Chi Minh City. Wellcome Trust Genome Campus. Imperial College of Science. Genome. Department of Biological Sciences. Bacterial. and Medicine. 48 Hornick RB. UK.drug effects.pharmacology. Imperial College of Science. Drug Resistance. Selective primary health care: strategies for control of disease in the developing world. and at the Centre for Tropical Medicine. Part II.genetics (utama). Oxford. Cambridge. Julian. 7: 536-46. UK. 49 Cvjetanovic B. Salmonella typhi -. and Medicine. Fernandez Ricci A. Department of Biological Sciences. XX. Base Sequence. Typhoid Fever -. Typhoid Fever -. Salmonella typhi -. Pseudogenes. Dougan.pathogenicity. Typhoid fever. Bacterial -. Prat Miranda S. Parry.microbiology (utama) Substansi: Anti-Bacterial Agents. Gordon Judul publikasi: The Lancet Infectious Diseases . 34: 1701-707. Christopher. Volume: 2 Edisi: 3 Halaman: 163-70 Jumlah halaman: 8 Tahun publikasi: 2002 Tanggal publikasi: Mar 2002 Tahun: 2002 Bagian: Review Penerbit: Elsevier Limited Tempat publikasi: London Negara publikasi: United States Subjek publikasi: Medical Sciences--Communicable Diseases ISSN: 14733099 CODEN: LANCAO Jenis sumber: Scholarly Journals Bahasa publikasi: English Jenis dokumen: Journal Article Nomor aksesi: 11944186 ID dokumen ProQuest: 201549448 URL Dokumen: http://search. Semua hak cipta dilindungi.proquest. .Syarat dan Ketentuan .com/docview/201549448?accountid=25704 Hak cipta: Copyright Elsevier Limited Mar 2002 Terakhir diperbarui: 2014-08-16 Basis data: ProQuest Public Health Hubungi ProQuest Hak cipta Ó 2015 ProQuest LLC. bersama dengan studi molekuler lainnya. urutan DNA genom total baru-baru ini ditetapkan untuk Salmonella typhi-multiple-obat tahan.lebih dari 200 pseudogen. yang masih merupakan penyakit yang sangat umum di negara-negara berkembang. termasuk kelompok gen tertentu S typhi dan sejumlah besar . Urutan genom menunjukkan banyak fitur yang membedakan. Kami memiliki wawasan baru ke dalam mekanisme yang mendasari kekhususan inang manusia S typhi. dan memiliki rute baru dimanfaatkan untuk meningkatkan diagnosa dan pemahaman yang lebih baik tentang epidemiologi penyakit. Lancet Infectious Diseases 2002. Kami memiliki wawasan baru ke dalam mekanisme yang mendasari kekhususan inang manusia S typhi. telah memberikan petunjuk penting di beberapa daerah penting dari biologi tipus. serotipe yang menyebabkan demam tifoid.Membuka genom basil tifus manusia Abstrak: Studi molekuler yang shedding cahaya baru pada patogenesis demam tifoid manusia. termasuk kelompok gen tertentu S typhi dan sejumlah-over besar 200-pseudogen. urutan DNA genom total baru-baru ini ditetapkan untuk Salmonella typhi-multiple-obat tahan. Urutan genom menunjukkan banyak fitur yang membedakan. telah memberikan petunjuk penting di beberapa daerah penting dari biologi tipus. Teks Lengkap: pendahuluan singkat Studi molekuler shedding cahaya baru pada patogenesis demam tifoid manusia. bersama dengan studi molekuler lainnya. Sebagai contoh. Informasi ini. Sebagai contoh. 2: 163-70 Tifoid hari ini: keprihatinan saat ini . yang masih merupakan penyakit yang sangat umum di negara-negara berkembang. dan memiliki rute baru dimanfaatkan untuk meningkatkan diagnosa dan pemahaman yang lebih baik tentang epidemiologi penyakit. serotipe yang menyebabkan demam tifoid. Informasi ini. Tidak seperti banyak anggota lain dari S enterica. S typhi dibatasi dalam kisaran inang dengan manusia. Sekali lagi. akibatnya tidak ada data yang benar-benar akurat pada frekuensi atau tingkat demam tifoid di seluruh dunia. Dalam vaksin baru dekade terakhir berdasarkan Vi polisakarida dimurnikan dari S typhi telah dikembangkan. dan untuk sebagian besar diagnosis tergantung pada metode laboratorium yang melibatkan budaya S typhi dari spesimen darah atau sumsum tulang. Ty21a. vaksin ini menunjukkan efikasi hanya moderat tapi mereka jauh lebih baik ditoleransi daripada vaksin seluruh sel dan dengan demikian peningkatan yang signifikan. Vaksin ini memiliki khasiat moderat di daerah endemik penyakit-tetapi membutuhkan beberapa dosis untuk mencapai tingkat yang wajar perlindungan. Beberapa vaksin . vaksin ini hanya memiliki khasiat moderat dan sangat reactogenic. Angka-angka WHO jumlah kasus yang hampir pasti meremehkan. Akibatnya tifoid adalah umum di daerah miskin dan tropis dunia dimana sanitasi yang tidak memadai dan pasokan air tidak efektif dimurnikan. Secara klinis. Sebuah dilemahkan vaksin tifoid oral yang hidup. Infeksi biasanya diperoleh oleh konsumsi S typhi dalam makanan atau air yang terkontaminasi. di mana kasus demam tifoid yang paling terjadi. Namun. Namun. juga telah digunakan secara umum untuk beberapa tahun. diagnosis berdasarkan gejala klinis saja bisa sulit. terutama untuk dokter berpengalaman. seperti demam berdarah dan malaria. gejala yang muncul infeksi typhi S dapat mirip dengan penyakit demam lain yang umum di daerah tropis. dan tidak ada waduk hewan diketahui. Vaksin tifoid pertama didasarkan pada seluruh inaktif S typhi basil dan digunakan secara rutin selama bertahun-tahun.Tifoid kini dianggap sebagai penyakit sejarah oleh banyak orang yang tinggal di negaranegara maju. pengawasan dan investigasi wabah dibatasi oleh kurangnya fasilitas laboratorium. WHO memperkirakan bahwa secara global masih lebih dari 17 juta kasus tifoid setiap tahun dan bahwa infeksi ini berhubungan dengan sekitar 600 000 deaths. Ada beberapa vaksin tipus berlisensi tersedia untuk digunakan melawan fever3 tifoid tetapi mereka belum digunakan secara luas di banyak daerah di mana tifoid endemik. Dengan demikian. Meskipun antibiotics2 efektif peningkatan dramatis terbaru dalam prevalensi tahan multiple-antibiotik S typhi telah menarik perhatian pada kebutuhan untuk menilai kembali upaya pengendalian penyakit. Di banyak daerah yang kurang berkembang di dunia.1 Tifoid disebabkan oleh serovar dari Gram-negatif bakteri Salmonella enterica dikenal sebagai Salmonella enterica subspesies serovar Typhi (disebut dalam ulasan ini sebagai S typhi). Total sekuensing genom menyediakan cetak biru lengkap repertoar genetik bakteri dan memfasilitasi identifikasi seluruh set gen. bagaimanapun. bersama-sama dengan gen tambahan yang bertanggung jawab atas resistensi obat isolat tertentu. 3 meningkatkan harapan untuk generasi baru vaksin tifoid cocok untuk penggunaan umum pada bayi. yang pada awalnya diisolasi dari kasus tipus di Vietnam. seperti Escherichia coli. Secara signifikan. telah diperoleh dengan Vi konjugasi operator protein.4 hasil yang menggembirakan Terbaru.5 Dalam sequencing CT18 kami menangkap total melengkapi gen ini S typhi virulen. Tersebar di sepanjang tulang punggung inti konservasi ini merupakan daerah S enterica. dan memiliki variabel efficacy. Memang. kelangsungan hidup di lingkungan.saat ini tersedia untuk pencegahan demam tifoid tetapi mereka tidak cocok untuk digunakan pada neonatus atau bayi. Urutan genom dari S typhi CT18 Dalam beberapa tahun terakhir urutan DNA lengkap dari genom banyak bakteri telah ditentukan. Hal ini cukup DNA untuk mengkodekan sekitar 4600 gen (gambar 1). ada daerah besar DNA yang menunjukkan tingkat tinggi konservasi antara spesies. DNA. dan kemungkinan besar berasal dari satu nenek moyang yang sukses untuk bakteri enterik. dan transmisi. atau memang serovar typhi S-spesifik. gen di wilayah inti ini tidak hanya mirip antara spesies bakteri enterik. Salah satu fitur mencolok dari S typhi genom adalah bahwa dibandingkan dengan bakteri enterik lainnya. tetapi juga dalam rangka dilestarikan pada kromosom (synteny). seperti hidup di usus (penjajahan). Ini wilayah inti bersama (70-80% dari kromosom) bisa mewakili repertoar gen dilestarikan terkait dengan fungsi dasar rumah tangga di Enterobacteriaceae. sekitar 20% dari genom gen fungsi sepenuhnya diketahui dikodekan. Fitur umum genom Genom S typhi CT18 adalah 4 809 037 pasangan basa panjangnya. Daerah unik seperti dapat gen tunggal atau kelompok gen berkumpul bersama-sama (hingga 100 . Kami baru-baru ditentukan urutan DNA dari S multidrug-resistant typhi mengisolasi. Program sequencing menunjukkan sejumlah besar gen yang belum teridentifikasi oleh analisis genetik sebelumnya S typhi atau bakteri enterik lainnya. Pemeriksaan urutan segera memberikan wawasan ke dalam beberapa aspek biologi S typhi yang sampai sekarang terbukti sulit untuk menjelaskan. CT18. gen dalam beberapa cluster). Secara signifikan. Memang. Transmisi horisontal dapat dimediasi melalui pertukaran DNA melibatkan mekanisme seperti transduksi (bacteriophagemediated).1 dan SPI-2 yang memfasilitasi invasi dan kelangsungan hidup dalam sel inang. SPI-7. Pemeriksaan genom bakteri enterik menunjukkan bahwa fitur repertoar inti genetik umum. akumulasi pseudogene telah terbukti terjadi pada patogen . Daerah ini unik adalah gen yang memberikan fenotip yang berbeda dari serovar S enterica seperti S typhi. DNA horizontal diperoleh sering memasukkan ke dalam situs kromosom yang sama (misalnya. Fakta bahwa organisme freeliving seperti S typhi memiliki sekitar 5% dari genom tidak aktif harus memiliki konsekuensi biologis yang signifikan. Memang. atau transformasi. Hal ini mungkin tidak mengejutkan ketika kita mempertimbangkan bahwa bakteri enterik tinggal di dekat dalam bakteri usus dan individu akan mencari keuntungan kompetitif atas tetangga mereka. misalnya) . Pseudogen membentang dari DNA yang menyandikan urutan gen-seperti tapi yang jelas telah dinonaktifkan oleh semacam perubahan. Dengan demikian. Sebagai contoh. sering mutasi basis tunggal. dalam tRNA gen) di enterics yang berbeda. dalam genom S typhi mengandung gen yang mengkode untuk Vi produksi polisakarida serta banyak gen lain fungsi yang tidak diketahui. S typhimurium menyebabkan penyakit yang berbeda pada manusia dan memiliki jangkauan yang lebih luas dibandingkan dengan tuan rumah S typhi. 145 pseudogen S typhi yang hadir sebagai gen yang aktif di S typhimurium dan banyak yang berpotensi terlibat dalam patogenesis atau encode protein yang diekspor melalui membran bakteri dan bisa terlibat dalam pengakuan kekebalan atau patogenesis. Tampaknya bahwa keragaman dalam Enterobacteriaceae telah berkembang sebagian melalui akuisisi DNA dengan transfer horisontal. 6 DNA unik sehingga berbeda bisa hadir di tempat yang sama pada bakteri bahkan terkait erat (S typhi vs S typhimurium. bersama-sama dengan urutan yang unik tersebar umumnya wakil dari Enterobacteriaceae (gambar 2). Dalam S typhi banyak pseudogen dinonaktifkan oleh mutasi titik sederhana atau frameshifts (gambar 2). DNA bakteriofag umumnya ditemukan di daerah yang unik dari bakteri enterik. semua S enterica pelabuhan dua kelompok besar gen (absen dari E coli). konjugasi (plasmid-mediated). Sebuah pulau besar lain. Fitur lain yang tak terduga dari S typhi genom adalah kehadiran lebih dari 200 pseudogen (tabel). yang dikenal sebagai pulau salmonella patogenisitas (SPI) . pembentukan pseudogene di S typhi bisa berpengaruh baik pada patogenesis dan tuan rumah jangkauan. Pada tahun 1960. Sebagai contoh. Variasi genetik antara isolat S typhi telah terkait dengan hasil klinis. S typhi studi relawan-tantangan di Amerika Serikat mendirikan dosis infektif untuk tipus dari 105-109 organisms.9 umum Banyak komplikasi klinis yang melibatkan hampir setiap sistem organ telah berhubungan dengan demam tifoid. dan lethargy. Urutan genom menyediakan petunjuk pertama di daerah ini. perut tidak nyaman. Karena infeksi murine menggunakan serovar non-typhi S enterica. isolat tahan S typhi di Pakistan mungkin lebih jahat daripada strains12 sensitif dan isolat dari kasus yang fatal di Papua Nugini mungkin berbeda dari latar belakang Studi strains. Saat ini kita tidak tahu apakah perbedaan ini disebabkan oleh variasi genetik strain S typhi lokal.11 lebih tinggi daripada di negara-negara lain di Asia Tenggara seperti Vietnam. Akibatnya.13 pada kerentanan genetik orang untuk tifus terbatas. Gambaran klinis dan pemikiran terkini tentang patogenesis Pasien dirawat di rumah sakit dengan demam tifoid adalah anak-anak lebih sering daripada orang dewasa.host-disesuaikan lainnya seperti Mycobacterium leprae 7and Yersinia pestis.15 Studi ini . meskipun laporan terbaru memiliki didokumentasikan hubungan antara HLA tertentu haplotype kelas II dan kerentanan terhadap fever. yang paling ditakuti yaitu perforasi usus kecil. kejadian dilaporkan kematian akibat tipus di Indonesia dan New Guinea10. dan biasanya hadir dengan riwayat demam berkepanjangan (10-14 hari). bervariasi antara wilayah geografis. Jumlah publikasi tentang tifus manusia yang digunakan imunologi modern dan teknik molekuler terbatas. sampai sekarang. banyak detail dari persepsi kita tentang patogenesis typhoid dipengaruhi oleh informasi yang diperoleh dari kerja pada tikus.8 Temuan ini sangat penting karena. temuan dalam sistem ini tidak boleh diekstrapolasikan grosir untuk tifus manusia. Sebagai contoh. Kematian dilaporkan terkait dengan tipus. atau faktor lainnya. pemahaman kita tentang keterbatasan host-range dan patogenesis gastroenteritis dan penyakit sistemik disebabkan oleh serotipe salmonella pada manusia telah sangat terbatas. sakit kepala. bagaimanapun.14 tifoid S typhi menggunakan modus yang sangat canggih patogenesis untuk menjajah tuan rumah manusia dan pemahaman kita tentang patogenesis demam tifoid diringkas dalam Gambar 3. perbedaan dalam kerentanan genetik populasi tuan rumah. panjang dari yang tergantung pada dosis inokulasi bakteri dari layak. ini umumnya terjadi kemudian pada penyakit dan tidak pada tahap awal infeksi. yang bertepatan dengan timbulnya symptoms16 klinis dan menandai akhir dari masa inkubasi. Dalam studi vitro dengan garis sel manusia telah menunjukkan perbedaan kualitatif dan kuantitatif dalam epitel sel-respon terhadap S typhi dan S typhimurium berkaitan dengan sitokin dan kemokin secretion. di mana sebagian besar bakteri tampaknya intracellular.15 Bakteri melalui darah disebarluaskan ke seluruh tubuh dan diperkirakan menjajah organ dari sistem retikulo-endotel mana mereka berpikir untuk meniru dalam sel-sel dari garis keturunan monositik. . Studi relawan. S typhi adalah gudang kembali ke dalam darah menyebabkan bakteremia sekunder.19 Pada tahap ini sejumlah besar S typhi dapat ditumpahkan dalam tinja. mungkin melalui kandung empedu. 20 melalui enterosit. Setelah masa replikasi bakteri. atau melalui paracellular route. telah menunjukkan bahwa S typhi hadir dalam darah selama tahap gejala penyakit tapi bisa pada tingkat serendah satu bakteri per 10 ml. Meskipun diare dapat terjadi setelah infeksi S typhi. 18 S typhi juga sering dapat dibudidayakan dari sumsum tulang. dan kemudian masuk ke dalam aliran darah melalui sistem limfatik. 15. memasuki sistem limfoid mesenterika. S typhi melewati mukosa usus.21 Tidak ada rute-rute ini invasi telah secara resmi ditampilkan untuk demam tifoid manusia. Infeksi pada manusia dengan S typhimurium umumnya tidak penyakit invasif dan biasanya terkait dengan gastroenteritis.juga menunjukkan masa inkubasi tanpa gejala dari 4-14 hari. Bakteremia primer ini biasanya tanpa gejala dan kultur darah biasanya negatif pada tahap ini dari disease. S typhi diperkirakan menyerang tubuh melalui mukosa usus di ileum terminal mungkin melalui antigen-sampel sel-sel khusus. Setelah konsumsi. S typhi bisa dilihat menggunakan "pendekatan siluman" untuk memungkinkan kolonisasi jaringan yang lebih dalam dari tubuh.22 demikian dengan menghindari pemicu respon inflamasi awal usus.17 dan penelitian orang dengan alami diperoleh infeksi typhi S. dikenal sebagai sel M. yang berbaring di atas jaringan usus terkait limfoid. Penemuan sejumlah besar pseudogen di S typhi menunjukkan bahwa genom patogen ini telah mengalami degenerasi untuk memfasilitasi hubungan khusus dengan manusia. kultur organ in vitro. Spesialisasi ini akhirnya bisa membuktikan menjadi tumit Achilles patogen. Perbandingan urutan genom dari S typhi dengan yang baru diterbitkan untuk S typhimurium LT224 mengidentifikasi S kelompok gen lain yang lebih kecil-typhi tertentu atau gen individu. Informasi lain telah diperoleh dari penelitian dengan strain dilemahkan dalam volunteers. Setelah tahun 1972. Ketersediaan urutan juga harus mendorong para peneliti untuk bergerak dari studi murine menjadi lebih klinis pekerjaan yang sesuai pada S typhi sendiri. Pengobatan sedang terganggu oleh perkembangan resistensi Pengenalan kloramfenikol pada tahun 1948 merevolusi manajemen demam tifoid akut tetapi resistensi dilaporkan hanya 2 tahun kemudian. Studi tantangan klinis awal tahanan memberikan informasi mengenai dosis infektif dan menunjukkan bahwa peran kapsul Vi dalam patogenesis itu tidak mutlak. Namun. Kita sekarang akan dapat menggunakan genomik komparatif ditambah dengan berbagai tes biologis (infeksi sel. wabah besar pertama kloramfenikol tahan S typhi tidak terjadi sampai 1972. lima di antaranya belum ditemukan sebelum program sekuensing.Implikasi dari urutan genom Penelitian dalam patogenisitas dan tuan rumah spesifisitas Banyak pemikiran kita sekarang pada patogenesis typhoid berasal dari salmonellosis di mouse dan pada kenyataannya kita memiliki pengetahuan yang sangat terbatas tentang patogenesis infeksi typhi S dalam diri manusia. S typhi sangat disesuaikan dengan infeksi manusia ke titik bahwa ia telah kehilangan kemampuan untuk menyebabkan penyakit menular pada hewan lain. Mungkin dengan mengurangi pilihan untuk rute invasi ke dalam jaringan manusia S typhi nikmat rute yang mempromosikan kemungkinan penyebaran sistemik. Mengapa perlawanan menular ini memakan waktu 20 tahun untuk menjadi mapan di S typhi tidak jelas. .23 Pemeriksaan S typhi genom telah diidentifikasi sampai sepuluh pulau patogenisitas (SPI 1-10). & c) untuk mengeksplorasi kontribusi gen baru untuk patogenesis. resistensi dapat dialihkan untuk generasi ketiga sefalosporin. yang disebut pHCM1.antimikroba alternatif dicari dan ada banyak data dan review dari uji klinis dari periode ini. dan microarray dapat digunakan untuk menginterogasi fungsi gen yang berbeda di S typhi genom.29 ini memberikan memprihatinkan dan meningkatkan kemungkinan demam tifoid diobati timbul di daerah yang kurang kaya di dunia. Memang. proteomik. yang telah terbukti mempengaruhi hasil pengobatan dengan fluoroquinolones. bisa emerging. Namun.2 efektif Pada 1980-an laporan pertama dari S typhi resisten terhadap semua tiga obat lini pertama ini muncul. Pendekatan terapi baru Genom menyediakan banyak informasi tentang genetika S typhi tapi ini adalah jauh dari menyediakan rute baru terhadap terapi penyakit. menghasilkan resistensi terhadap sefalosporin. Bahaya yang signifikan di masa depan adalah bahwa S typhi akan mendapatkan perlawanan fluorokuinolon lengkap atau memperoleh spektrum luas betalaktamase. Kombinasi bioinformatika. 26 sekarang banyak dilaporkan dari wabah.28 Selanjutnya. Sefalosporin generasi ketiga dan fluoroquinolones telah menjadi obat pilihan today. Percobaan pengobatan dengan azitromisin menunjukkan janji sebagai alternatif untuk fluoroquinolones30 tetapi sedikit lain adalah di cakrawala. yang mengkode beberapa faktor penentu yang resistan terhadap obat. Menggunakan urutan DNA dari pHCM1 kita akan dapat menyelidiki struktur plasmid resisten lainnya terlihat pada S typhi dan patogen terkait lainnya. di beberapa rumah sakit . banyak pekerjaan akan diperlukan sebelum manfaat apapun berasal dari sumber ini.25 Resistensi terhadap kuinolon. Gen-gen yang penting bagi kehidupan atau virulensi mungkin menjadi sasaran untuk pengembangan antibiotik baru atau vaksin. ceftriaxone. Informasi ini akan memberikan gambaran yang lebih rinci evolusi dan penyebaran resistensi multidrug dalam patogen enterik. yang menunjukkan bahwa kotrimoksazol dan ampisilin atau amoksisilin adalah alternatives. 27 dan dari kasus endemik di Asia . Evolusi resistensi multidrug The sequencing isolat S typhi CT18 tahan multidrug dan pelabuhan plasmid menular besar. Struktur unsur bergerak di pHCM1 menunjukkan urutan kemungkinan di mana penentu obatresistance tersebut diperoleh. Epidemiologi lokal di daerah-daerah endemik tidak dipahami dengan baik Manajemen kesehatan masyarakat lingkungan. Untuk melakukan hal ini.33 Memang. dan populasi memiliki efek terbesar pada tingkat kasus sporadis di daerah. Pemeriksaan isolat klinis S typhi telah menunjukkan bahwa mereka umumnya sangat berkaitan dalam hal struktur antigenik dan karakteristik biokimia. melibatkan urutan gen rumah tangga dari beberapa S typhi isolat. informasi epidemiologi yang akurat diperlukan namun sulit untuk memperkirakan bahkan kejadian demam tifoid di daerah-daerah yang paling endemik. Maka akan lebih bijaksana di daerah-daerah untuk mengatur sistem pengawasan PCR berbasis sederhana yang dirancang untuk mengidentifikasi individu yang mungkin dijajah oleh kedua bakteri. . S typhi dapat hati-hati diklasifikasikan sebagai klon yang telah menyebar dari satu sumber. pasien. dipilih menggunakan data sekuens genom. Inggris. Di wilayah Delta Mekong.multidrugresistant typhi S hidup berdampingan dengan bakteri lain yang memiliki spektrum luas gen beta-laktamase. bagaimanapun. dan di Indonesia 1000 kasus / 100 000 penduduk. tidak dipublikasikan). London. Beberapa data yang baik. adalah tersedia tetapi hanya dari daerah yang sangat didefinisikan dengan fasilitas laboratorium yang baik. tingkat serangan ditunjukkan ke puncak antara 5-9 yearolds. menargetkan langkah-langkah kesehatan masyarakat menjadi semakin penting.31 Namun. Dalam dunia sumber daya yang terbatas. Demam tifoid di daerah-daerah endemik paling sering terjadi pada kelompok usia 319 tahun tapi insiden usia puncak bervariasi regional. Vietnam. di India demam tifoid dapat umum di antara anak-anak muda (1-5 tahun) . Studi sistematis dengan analisis isoenzim dilakukan dengan S typhi isolat dari daerah yang berbeda dari dunia menegaskan tingkat tinggi similarity. dengan tingkat serangan 531/100 000 per year. Imperial College. Pendekatan baru menggunakan analisis urutan multilokus.32 Jika kita memahami pemeliharaan dan transmisi organisme ini dalam masyarakat kita harus mampu untuk menggambarkan keterkaitan strain. telah mengkonfirmasi hipotesis klonal dan menunjukkan bahwa S typhi bisa dipisahkan dari enterica S lain di sekitar 20 000 tahun yang lalu (C Kidgell. Insiden yang dilaporkan tertinggi demam tifoid adalah dari Asia Tenggara: di Papua Nugini 1208 kasus / populasi 100 000. sulit untuk mendefinisikan kepentingan mereka. melibatkan metode yang dapat membedakan strain diisolasi selama wabah besar. tidak selalu mampu membedakan pada tingkat yang diperlukan untuk menggambarkan rute transmisi tipus di masyarakat ramai di sekitar kota-kota berkembang. seperti PFGE. Operator kronis dan sembuh S penumpah typhi cenderung menjadi sumber utama kebanyakan kasus demam tifoid di negara-negara endemik. studi dari genom sizing34 dan variasi dalam biotipe dan flagela antigen menunjukkan bahwa perbedaan dalam repertoar genetik S typhi terjadi. Kita perlu pendekatan baru untuk studi epidemiologi pada patogen ini.Meskipun DNA tulang punggung S typhi bisa klonal. Pendekatan baru untuk S typhi epidemiologi diperlukan. bahkan wabah berkepanjangan sering disebabkan oleh strain yang sangat erat terkait. Namun. Peningkatan epidemiologi Meskipun mengetik bakteriofag telah terbukti sangat berharga untuk membedakan antara S typhi isolat untuk deskripsi tren global itu adalah penggunaan terbatas dalam epidemiologi lokal karena kurangnya diskriminasi antara isolat terkait erat. dibedakan dengan metode saat mengetik isolat (fag mengetik dan PFGE) .36.37 Oleh karena itu. Keterlibatan operator manusia dalam transmisi tipus baik didokumentasikan tetapi peran mereka dalam wabah yang lebih besar kurang dipahami dengan baik. saat ini tidak mungkin untuk menggambarkan rute transmisi lokal untuk wabah demam tifoid di daerah endemis karena kebanyakan isolat tampaknya menjadi strain yang sama. Meskipun latar belakang isolat menunjukkan tingginya variasi. Bahkan metode molekuler terbaik yang tersedia. Jika enzim pemotongan langka seperti ICEU1 digunakan maka organisasi kromosom dapat digambarkan dan kelompok global S typhi diakui. PFGE adalah metode yang melibatkan pembelahan kromosom bakteri menjadi fragmen DNA besar yang dapat dipisahkan pada gel agarosa.35 Jika lebih sering memotong enzim yang digunakan pola fragmen DNA memberikan sidik jari dari kromosom bakteri. Dengan memeriksa . Wabah besar demam tifoid biasanya terjadi dengan latar belakang kasus endemik. Perbedaan lain dalam genom S typhi juga telah terdeteksi oleh pulsa-bidang gel elektroforesis (PFGE). Kondisi yang mendukung wabah besar tidak terdokumentasi dengan baik. beberapa daerah dari S typhi genom terlihat bervariasi bahkan dalam budaya bets tunggal. yang mendeteksi antibodi terhadap agglutinating O (lipopolisakarida) dan H (flagela) antigen dari S typhi. sekarang dapat dicari. identifikasi S typhi antigen yang unik akan sangat memudahkan pengembangan tes serodiagnostic baru. . daerah yang dapat menyebabkan mengetik skema yang mengandung beberapa ratus jenis dikenali dan yang tetap stabil selama beberapa generasi. meskipun karakterisasi definitif S typhi isolat sebagai Vi negatif menyajikan kesulitan. dan pendekatan yang sama mungkin akan efektif dalam studi tentang S typhi. atau lesi spesifik pasien dengan gejala khas demam tifoid. Meskipun tes ini digunakan secara luas. Hot spot atau mikrosatelit telah terbukti menjadi nilai dalam membedakan isolat bakteri dalam klonal lain seperti Y pestis dan tuberkulosis M. Yang paling umum digunakan tes serologi adalah tes Widal. Jelas ini terlalu banyak variasi untuk skema mengetik berguna. Darah telah menjadi andalan budaya untuk S typhi sejak Coleman dan Buxton38 menerbitkan review pertama kultur darah pada demam tifoid pada tahun 1907. seperti salmonella.urutan genom dari S typhi adalah mungkin untuk mengidentifikasi daerah genom yang mungkin hot spot untuk rekombinasi (elemen berulang. sehingga menimbulkan beberapa jenis yang berbeda dalam satu generasi. Diagnosis laboratorium tidak berubah selama 100 tahun Diagnosis definitif demam tifoid saat ini tergantung pada demonstrasi S typhi dalam darah. Dengan demikian. Selama sequencing. unsur fag) atau kesalahan dalam replikasi (polinukleotida berjalan). dengan tes biokimia dan aglutinasi dengansalmonella tertentu antisera adalah tugas yang relatif sederhana.39-41 Salah satu masalah dengan perkembangan reagen serodiagnostic untuk tipus adalah bahwa S saham typhi banyak lintas antigen reaktif dengan anggota dari flora usus manusia dan dengan patogen enterik lainnya. tidak memiliki sensitivitas dan / atau kekhususan dalam wilayah tifoidendemik bila digunakan dengan serum tunggal sample. tinja. Metode ini masih digunakan sampai sekarang (gambar 4). sumsum tulang. Namun. Identifikasi isolat klinis. 47 Ada kesepakatan umum bahwa meningkatkan kualitas pasokan air di daerah-daerah padat penduduk negara-negara endemik adalah bagian penting dari kontrol tifoid fever. 41 tetapi tidak menjadi banyak digunakan meskipun ketersediaan kit komersial.849 menunjukkan bahwa pembangunan toilet higienis adalah cara termurah untuk mengurangi infeksi. Untuk mencapai metode molekuler mungkin terbaik untuk diagnosis demam tifoid. Sebagai contoh.18 Walaupun budaya saat ini standar emas untuk diagnostik.Bisakah kita meningkatkan diagnosis laboratorium? Faktor pembatas untuk sensitivitas budaya mikrobiologi sebagai metode diagnostik adalah rendahnya jumlah bakteri di blood. amongt yang IS200. Beberapa alternatif untuk Widal untuk mendeteksi antibodi telah dikembangkan.42 Serodiagnosis mungkin menjadi cara yang lebih rasional untuk mendiagnosa kedua kasus akut demam tifoid dan operator tifus.45 unsur penyisipan ini hadir dalam beberapa salinan di S typhi genom dan tampaknya menawarkan harapan untuk target diagnostik molekuler. Teknik molekuler untuk mendeteksi S typhi DNA tertentu berpotensi meningkatkan sensitivitas diagnosis dan probe tertentu berdasarkan gen Vi telah ditandai dan assessed44 tapi memberikan sensitivitas rendah. Genom dapat digunakan untuk mengidentifikasi potensi antigen permukaan S typhispecific dan menilai ini potensi diagnostik mereka. Kombinasi dari kedua langkah itu diperlukan untuk penghapusan tifus endemik. Meskipun mentah. yang juga mengurangi jumlah kasus tifoid fever. tetapi vaksinasi dengan vaksin seluruh sel heatkilled lebih efektif. dengan sanitasi dan penyediaan air tujuan . Kasus untuk pemberantasan global Selama 1900-an pentingnya baik air bersih dan identifikasi S operator typhi diakui di Eropa dan Amerika Utara sebagai penting untuk pengelolaan tifoid fever. Ada beberapa target yang unik dijelaskan untuk S typhi. S typhi mengkodekan sejumlah antigens43 fimbrial dan beberapa antigen ini mungkin memiliki potensi sebagai antigen diagnostik. angka-angka ini mendukung argumen untuk vaksinasi massal sebagai tujuan pertama untuk pemberantasan tifoid.46 Observasi ini lebih didukung oleh bukti-bukti dari pelaksanaan baru-baru ini langkah-langkah sanitasi untuk pengendalian kolera di Chile. S typhi urutan unik yang ada multi salinan dalam genom perlu ditemukan.48 A latihan biaya manfaat yang dilakukan oleh WHO untuk membandingkan tindakan pengendalian pada demam tifoid pada 197. sulit untuk melihat bagaimana pendekatan ini bisa sangat improved. terutama dalam jangka pendek. mungkin dalam hubungannya dengan antigen yang lebih konvensional seperti Vi. tanpa takut bahwa S typhi mungkin muncul kembali dari enterica serovar lain S. Dengan demikian. Urutan yang unik dalam genom S typhi sekarang dapat diidentifikasi untuk generasi antigen rekombinan untuk diagnosis serologi atau probe untuk diagnosis molekuler. mungkin melalui acara evolusi yang unik.jangka panjang. dan bahwa S typhi tidak dapat dengan mudah berkembang dari enterica serovar lain S. dan dalam semua kasus kami meneliti isolat yang berbeda memendam persis mutasi yang sama. . diagnosa yang lebih baik (terutama untuk mengidentifikasi operator). Kami telah diurutkan dipilih mutasi pseudogene individu dari berbagai S typhi isolat. kita secara teoritis bisa menghilangkan tifoid melalui kombinasi perbaikan sanitasi. dan vaksinasi massal. Karena S typhi dibatasi untuk manusia. Apakah mungkin untuk menggunakan langkah-langkah ini untuk benar-benar memberantas tifus? Genom S typhi menunjukkan banyak fitur unik seperti S kelompok gen-typhi spesifik dan kehadiran lebih dari 200 pseudogen. Pengalaman menunjukkan bahwa penghapusan S typhi dari penduduk lokal menghilangkan penyakit dari daerah geografis lokal dan S typhi tidak bertahan jangka panjang dalam waduk lingkungan. Hal ini sangat menunjukkan bahwa S typhi hanya muncul sekali. Peningkatan vaksin sedang dikembangkan dan jadi hambatan utama program pemberantasan adalah identifikasi kasus dan operator. dalam teori pemberantasan demam tifoid adalah layak dan bisa menjadi tujuan yang berharga untuk memakai agenda kesehatan global. Lancet 1999. 2 Putih N. Pengurangan kematian pada demam tifoid berat kloramfenikol-diobati dengan dosis tinggi deksametason. Levine MM. Eiglmeier K. eds. et al. Naqvi SH. 9 richens J. Smith TA. Ho VA. Farooqui BJ. Urutan genom lengkap obat multiple tahan Salmonella enterica serovar Typhi CT18. Frankel G. 1999. 8 Parkhill J. James KD. Trans R Soc Trop Med Hyg. 12 Bhutta ZA. 13: 832-36. 356: 1027-1034. London: Mosby. Kumala S. Dalam: Armstrong D. G Dougan. 10 Rogerson SJ. et al. Barriere S. 409: 1007-1011. Razzaq RA. 7 Cole ST. richens J. Kemanjuran dari Salmonella typhi vaksin konjugasi Vi pada anak-anak berusia tahun-dua-tofive-. Urutan genom dari Yersinia pestis. Nature 2001. 6: 131-33. Pembusukan gen besar dalam basil kusta. 11 Hoffman SL. Cohen J. Demam tifoid dan vaksin masa kanak-kanak strategi. Merigan C. 413: 523-27. Rev Infect Dis 1991. Punjabi NH. et al. 85: 113-16. Finlay BB. 5 Parkhill J. Phil Trans R Soc Lond B Biol Sci 2001. Penyakit menular.Referensi 1 Pang T. et al. Baltimore: Williams dan Wilkins. 310: 82-88. eds. Khiem HB. Terapi antimikroba dan vaksin. 3 Lin FY. tipus demam. 4 Griffin GE. Thomson NR. Ivanoff B. Hidrokortison demam tifoid berat kloramfenikol-dirawat di Papua Nugini. Spooner VJ. Tifoid resisten pada anak-anak: presentasi dan gambaran klinis. 354: 698-99. . Tren Microbiol 1998. Nature 2001. Akuisisi virulensi terkait faktor oleh patogen enterik Escherichia coli dan Salmonella enterica. G Dougan. 344: 1263-1269. 1999: 24 1-24 4??. Wren BW. Pickard D. Masalah demam tifoid penting masih tetap. Nature 2001. Wain J. agen penyebab wabah. Dalam: Yu L. N Engl J Med 1984. 413: 848-52. Parkhill J. Salmonella typhi dan paratyphi. 6 Wain J. House D. et al. N Engl J Med 2001. transmissibility. Kuantisasi bakteri di sumsum tulang dari pasien dengan demam tifoid: hubungan antara jumlah dan gambaran klinis. et al. Migrasi Salmonella typhi melalui monolayers epitel usus: suatu studi in vitro. Gen kompleks histokompatibilitas utama kelas II dan kelas III berhubungan dengan demam tifoid di Vietnam. Nature 1998. 283: 739-46. 17 Levine MM. 19 Wain J. Stephens HA. DuPont HL.13 Thong KL. 21 Kops SK. . Bay PV. dan resistensi antibiotik. Zaidi TSA. Vaksin generasi baru. 36: 1683-1687. Dalam: Levine MM. et al. Lancet 1983. 1997: 437-46. Dawkins AT. Molekuler isolat Salmonella typhi yang diperoleh dari pasien dengan demam tifoid fatal dan nonfatal. Kuantisasi bakteri dalam darah pasien demam tifoid dan hubungan antara jumlah dan fitur klinis. Woodward TE. Snyder MJ. Woodrow GC. 40: 799-811. 393: 79-82. West AB. analisis Pang T. 1: 864-66. N Engl J Med 1970. Kemajuan dalam pengembangan strain dilemahkan baru Salmonella typhi sebagai vaksin oral hidup terhadap demam tifoid. 18 Wain J. lmeotn elalal. 39: 15711576. J Infect Dis 2001. Microbiol Immunol 1996. Galen JE. Tacket CO. 20 Pier GB. 183: 26168. typhi menggunakan CFTR untuk memasuki selsel epitel usus. et al. 34: 1029-1033. J Clin Microbiol 1996. 14 Dunstan SJ. Vinh H. Clegg A. Yassin RM. New York: Marcel Dekker. Ho VA. Lowe DK. Demam tifoid: patogenesis dan kontrol imunologi. Grout M. Blackwell JM. et al. Greisman SE. Bement WM. Passey M. eds. 16 Naylor GR. Combs BG. 15 Hornick RB. J Clin Microbiol 2001. Kaper JB. Diep TS. J Clin Microbiol 1998. Cobon GS. Masa inkubasi dan fitur lain dari wabah yang ditularkan melalui makanan dan air yang terbawa demam tifoid dalam kaitannya dengan patogenesis dan genetika resistensi. Hoa NT. Epidemiologi demam tifoid di Dong Thap Provinsi. 7: 448-50. A yang sangat ceftriaxone tahan Salmonella typhi di Bangladesh. Antimicrob Agen Chemother 2000. 32 Sinha A. 27 Mermin JH. 25 B Rowe. O'Neill BL. 413: 852-56. 66: 2310-18. Differential interaksi awal antara Salmonella enterica serovar Typhi dan dua serovar Salmonella patogen lainnya dengan sel-sel epitel usus. Sebuah terkontrol secara acak perbandingan azitromisin dan ofloksasin untuk pengobatan asam-tahan demam enterik multidrug-resistant atau nalidiksat. Dilemahkan Salmonella typhi dan Shigella sebagai vaksin oral hidup dan sebagai vektor hidup. Villar R. Spieth J. 18: 387. United Kingdom. . 29 Saha SK. et al. et al. Am J Trop Med Hyg 2000. 24 (suppl 1): 106-09. 98: 120-3. J Infect Dis 1999. 28 Threlfall EJ. Hone DM. 31 Lin FY. Ly NT. 23 Levine MM. 26 Wain J. Saha S. et al. Nature 2001. Sanderson KE. Islam M. Carpenter J. Clin Infect Dis 1997. 62: 644-48. Urutan genom lengkap Salmonella enterica serovar Typhimurium LT2. Kumar R. Sebuah epidemi besar demam tifoid multidrugresistant di Tajikistan terkait dengan konsumsi air kota. Talukder SY. Demam tifoid pada anak usia kurang dari 5 tahun. 179: 1416-1422. et al. Parry CM. et al. Barry E. et al. et al. Ward LR. 44: 1855-1859. Behring Inst Mitt 1997. Mekong Delta wilayah Vietnam. Menginfeksi Immun 1998. Lancet 1999. 30 Chinh NT. Threlfall EJ. Phan VB. Emerg Infect Dis 2001. Clin Infect Dis 1997. Penurunan kerentanan terhadap ciprofloxacin di Salmonella enterica serotipe typhi. Multidrug-resistant Salmonella typhi: epidemi di seluruh dunia. Metcalf ES. Chinh NT. Ward LR. 25: 1404-1410. Vo AH. 354: 734-37. Galen J.22 Weinstein DL. Pediatr Infect Dis J 1999. 24 McClelland M. Sazawal S. Quinoloneresistant Salmonella typhi di Viet Nam: dasar molekul resistensi dan respon klinis terhadap pengobatan. 39: 1002-7. epidemiologis sporadis Salmonella typhi isolat dan orang-orang dari wabah dengan elektroforesis gel berdenyutlapangan. 105: 53-57. Edwards R. 133: 896-903. 19: 569-72. et al. 35 Sanderson KE. 69: 2894-901. Chitnis DS. Am J Med Sci 1907. et al. 39 Shukla S. 37: 2882-86. 36: 227-35. Nilai dari tes widal singletube dalam diagnosis demam tifoid di Vietnam. Protein berbasis green fluorescent langsung menghitung layak untuk memverifikasi keadaan layak tapi nonculturable Salmonella typhi dalam sampel lingkungan.tahan Salmonella enterica serotipe typhi dari empat wabah. Kim SJ. 32: 1135-1141. Penyusunan ulang kromosom pada bakteri enterik. 41 Rumah D. J Wain. Beltran P. Hoa NT. 38 Coleman W. Liu SL. et al. J Wain. J Clin Microbiol 2001. 38: 895-97. J Clin Microbiol 1994. analisis Pang T.33 Selander RK. J Microbiol Metode 1999. Puthucheary SD. Salmonella enterica serovar Typhi memiliki repertoar unik urutan gen fimbrial. 58: 2262-75. Hubungan genetik evolusi klon Salmonella serovar yang menyebabkan tifus dan demam enterik manusia lainnya. 40 Parry CM. 43 Townsend SM. 36 Connerton P. Ho VA. Bakteriologi dari darah pada demam tifoid. Menginfeksi Immun 2001. Koh CL. Elektroforesis 1998. Epidemi tipus di vietnam: mengetik molekul multipleantibiotic. 148: 229-35. 34 Thong KL. Serologi demam tifoid di daerah endemisitas dan relevansinya dengan Diagnosis. Diep TS. Hien TT. India J Med Res 1997. Res Microbiol 1997. 37 Thong KL. Buxton BH. Genome antara isolat manusia baru-baru Salmonella typhi. . J Clin Microbiol 1999. Menginfeksi Immun 1990. Patel B. 42 Cho JC. et al. Kramer NE. J Clin Microbiol 2000. Puthucheary S. variasi ukuran Pang T. Smith NH. et al. Cheong YM. 100 tahun Widal tes & penilaian kembali di daerah endemik. Inggris. London. Pusat Molekuler Mikrobiologi dan Infeksi. Model epidemiologi dan aplikasi mereka dalam kesehatan masyarakat. Fernandez Ricci A. Fernandez-Mora M. dan di Pusat Kedokteran Tropis. Model epidemiologi penyakit bakteri akut. London SW7 2AZ. Annu Rev Microbiol 1976. XX. 45 Calva E. Demam tifoid. Bagian II. Inggris. Epidemi tipus di Chili: analisis dengan metode molekuler dan konvensional Salmonella typhi keanekaragaman regangan epidemi (1977 dan 1981) dan nonepidemic (1990) tahun. Hinxton. Penaklukan penyakit menular yang utama di Amerika Serikat: a retrospeksi peringatan dua abad. Uemura K. g. Prat Miranda S. dan Kedokteran. 46 Wishnow RM.uk email. JP adalah di Unit Patogen Sequencing di The Sanger Centre. Technology. Imperial College of Science. 48 Hornick RB. . Korespondensi: Profesor Gordon Dougan. Cabello FC. Technology. 49 Cvjetanovic B. fax +44 (0) 20 7594 3069. Penggunaan probe DNA untuk mendeteksi Salmonella typhi dalam darah pasien dengan demam tifoid. dan DH berada di Pusat Molekuler Mikrobiologi dan Infeksi. Wellcome Trust Genome Campus. Universitas Oxford. Khas IS200 penyisipan antara gyrA dan RCSC gen dalam Salmonella typhi. J Clin Microbiol 1997. Dinamika penyakit bakteri akut. Department of Biological Sciences. dan Kedokteran. 7: 536-46. dan CP adalah di Universitas Oxford-Wellcome Trust Research Unit Klinis. Imperial College of Science. Tel +44 (0) 20 7594 5256. D'Ottone K. Santana FJ. Punjabi NH. J Clin Microbiol 1989. Organ Banteng Kesehatan Dunia 1978. Perawatan kesehatan primer selektif: strategi untuk pengendalian penyakit di negara berkembang. Inggris. Oxford. AuthorAffiliation GD. 35: 304853. Cambridge. Pusat Penyakit Tropis. 27: 1112-114. Ordoñez LG.44 Rubin FA. 34: 1701-707.ac. Bobadilla M. Kota Ho Chi Minh. Rev Infect Dis 1985. Department of Biological Sciences. et al. McWhirter PD. Grab B. J Clin Microbiol 1996. 30: 427-450. JW. Vietnam.dougan@ic. UK. 47 Fica AE. Puente JL. 56 (suppl 1): 25-143. Manusia. Parkhill. Julian. Drug Resistance. Beberapa.MESH: Agen Anti-bakteri . Salmonella typhi .efek obat.diagnosis. DNA. Gordon Judul publikasi: The Lancet Infectious Diseases Volume: 2 Edisi: 3 Halaman: 163-70 Jangka Waktu Halaman: 8 Tahun publikasi: 2002 Tanggal publikasi: Mar 2002 Tahun: 2002 Bagian: Ulasan Penerbit: Elsevier Terbatas Tempat publikasi: London Negara publikasi: Amerika Serikat Subjek publikasi: Ilmu Kedokteran .patogenisitas. DNA. Demam Tifoid . bakteri. Basis urutan. Salmonella typhi . Salmonella typhi .genetika (Utama). Genome.Penyakit Menular ISSN: 14733099 . Dougan. bakteri . bakteri. bakteri (Utama). House. John. Christopher.farmakologi. multigene Keluarga. Deborah. Parry. Demam Tifoid epidemiologi.genetika. Demam Tifoid mikrobiologi (Utama) Substansi: Agen Anti-bakteri. Judul: Unlocking genom basil tifus manusia Pengarang: Wain. pseudogen.. Coden: LANCAO Jumlah yangtelah sumber: Jurnal Ilmiah Bahasa publikasi: Bahasa Inggris Jumlah yangtelah Dokumen: Journal Article Nomor aksesi: 11944186 ID Dokumen ProQuest: 201549448 URL Dokumen: http://search.Syarat Dan KETENTUAN Salah? .com/docview/201549448?accountid=25704 Hak cipta: Hak Cipta Elsevier Terbatas Mar 2002 Terakhir diperbarui: 2014/08/16 Data Dasar: ProQuest Kesehatan Masyarakat Hubungi ProQuest Hak cipta  2015 ProQuest LLC. .proquest. * Semua hak cipta dilindungi.